Rena Mizunashi masuk ke rumah sakit dalam keadaan koma di bawah pengawasan FBI. Di sekelilingnya dibayangi bayangan hitam. Eisuke Hondo berhasil menyelinap dan memperlihatkan jati dirinya. Ada juga kasus pembunuhan Sang Iblis dan pembunuhan dari Yomi.
Conan dan kawan-kawan terlibat kasus ancaman bom yang ditujukan ke pusat perbelanjaan Beika. Di sana ia melihat sosok Shuichi Akai, Subaru Okiya dan Gin, salah satu anggota organisasi Jubah Hitam. Walau dalam situasi gawat ia berhasil memecahkan kasus tersebut, tapi Conan masih belum dapat mengungkap siapa Subaru Okiya atau ke mana Shuichi Akai menghilang... Di saat itu, Bu Kobayashi, guru wali…
Kogoro pergi ke Okinawa untuk melakukan debat dengan atlet baseball pro, Toshizo Nose, dan reporter olahraga, Masaharu Motoyam. Namun, di sana ada mayat Nose yang dibunuh, sedangkan si tersangka memiliki alibi sempurna! Dapatkan Conan memecahkan trik yang menggunakan jalan belakang di langit luas!?
Sosok Ai yang berubah kembali menjadi dewasa karena meminum obat penawar, ternyata tertangkap oleh kamera! Conan, Ai, Bourbon dan anggota organisasi berbaju hitam yang lain mempertaruhkan segala daya dan upaya untuk menuju pemberhentian terakhir, yaitu kebenaran! Temukan kasus pembunuhan di atas kereta bell-tree express yang membawa kehebohan di seluruh negeri, ditambah dengan kasus menghilan…
Kawan!? Atau lawan!? Apakah kali ini Conan mendapat rival yang sebanding!? Siapa sebenarnya pemuda misterius yang tiba-tiba muncul dan menyebut dirinya sebagai detektif itu!? Temukan penyelesaian kasus pembunuhan oleh sang penjaga waktu dan kasus ramen yang lezatnya setengah mati! Juga jangan lewatkan aksi tokoh baru kita dalam kasus penyanderaan di kantor Detektif Mouri!
10 tahun lalu ketika Shinichi dan Ran masih kecil, mereka berdua menerima kode 'Redakan kemarahan Haido' dari seorang yang mengaku adiknya di perpustakaan. Mereka pun menerima tantangan mencari harta karun tersebut. Ada juga kisah Goro, kucing kesayangan Eri Kisaki, serta episode akhir sekolah detektif.
Kid si pencuri akan muncul di hadapan penggemarnya! Selanjutnya seperti apakah dia melakukan proses teleportasi? Disambung lagi kasus yang menimpa kolektor mobil klasik dan masalah pesawat kertas misterius yang menggemparkan.
Setelah penantian yang begitu lama, akhirnya Conan berhasil kembali pada wujudnya semula, yaitu Shinichi Kudo! Eh!? Tapi ada yang aneh. Dia hilang ingatan! Dan kebenaran mengejutkan yang tersimpan di balik semua itu adalah? Temukan juga akhir dari kasus kemeja berlumuran darah dan pengungkapan trik pembunuhan suami seorang pejudo wanita!
Kogoro bersama Conan dan Ran dipanggil ke rumah jutawan di Shizuoka. Dalam beberapa tahun ini di rumah itu selalu terjadi kasus pada tanggal 4, yang merupakan hari sial. Kemudian, pada tanggal 4 Oktober, terjadi kasus pembunuhan berantai yang mengerikan!
Conan dan kawan-kawan diundang ke rumah pesulap legendaris Mr. Masakage. Hari itu adalah hari hilangnya Mr. Masakage sepuluh tahun yang lalu. Kemudian, salah seorang murid Masakage ditemukan menjadi mayat. Detektif SMA dari Barat, Heiji Hattori, pun ikut beraksi!!